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债券资金是国家中央银行通过发行国债而取得的资金，财政资金是国家通过税收等财政收入而取得的资金。两者的区别在于收入取得的渠道不同，支出的发放也有所区别，债券资金更侧重点在于国家流动资金的放宽或收缩，而财政资金更侧重于政府的费用开支和国家重点工程开支。
二者的用途和组成不同，财政资金是指国家运用价值形式参与社会产品分配，形成归国家集中或非集中支配，并用于指定用途的资金。
它由国家预算资金和国家预算外资金所组成，属于国家集中性的财政资金，债券资金属于分散的、非集中形式的财政性资金，用途上要求不严。
