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一，税收制度
1、针对不同投资形式(分支机构或当地法人)的税收中立性原则
在日本从事经济活动的法人要就其经济活动中所产生的利润在日本缴税。但是，为防止跨国公司在日本从事经济活动时,因其投资方式不同造成税收不公而采取了相应措施。设立在日本的法人，其全世界的所得成为征税对象，然而，当其中包含境外所获利润的场合，该利润已经在发生所得的国家征税时，为避免源泉所得国与日本的双重征税，制定了境外税额抵扣的规定，在一定范围内，可从日本的应缴税款中扣除境外已缴纳的税款。此外，对外国法人的日本分支机构也采取了相应措施，仅对其产生于日本的所得部分征税，以避免国际间双重课税。
2、 源泉课征或申报缴纳
在日本开展业务的跨国公司，当其获得一定的应税收入时，通过办理源泉课征（即代扣代缴）或申报缴纳的手续,计算和缴纳应征税额。
3、 有限责任事业组合（日本版LLP→有限责任经营合作社）的解散，清算，解散和清算有限责任事业组合必须办理相关手续。与解散清算日本法人相同，为了让债权人对清算提出异议，要保留2个月以上的期限。
二、注册日本公司的赋税有几种
【所得税】当获得利息、分红收入及其他收入时，原则上对在日本国内银行存款利息代扣代缴国税15%，地方税5%。
【消费税】原则由最终消费者负担。2012年3月30日，日本政府内阁会议正式通过了消费税增税相关法案。2013年10月1日，日本首相安倍晋三正式宣布将于2014年4月1日把消费税由目前的5%提高到8%。同时，日本政府准备不迟于2015年10月进一步加税2%，将消费税再调高到10%。
