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1956年成立的北京市牛奶总站就是三元的前身，所以老北京人对三元牛奶是非常有感情的。
1968年更名为北京市牛奶公司，1997年成立北京三元食品有限公司，2001年公司改制成为北京三元食品股份有限公司，于2003年8月向社会公开发行人民币普通股15,000万股，9月15日在上海证券交易所成功上市，2006年4月经中华人民共和国商务部批准完成股权分置改革，2009年11月成功非公开发行股票后，公司总股本88,500万股。同时，北京麦当劳食品有限公司和广东三元麦当劳食品有限公司的中方权益是三元食品的一个重要组成部分，公司拥有北京麦当劳50%的股份，间接拥有广东麦当劳25%的股份。
